2009年4月15日，农业部向各省、自治区、直辖市农业行政部门发出《关于切实做好肥料登记管理工作的通知》（农农发[2009]2号）。要求继续切实履行肥料登记审批和监督管理职责，严把肥料产品有效、安全和适用准入关，促进了肥料科学、经济和生态施用，提高了农产品质量安全水平，维护了农民群众利益。各地应加强肥料登记管理体系建设，完善登记工作机制，健全全国肥料登记产品信息管理系统，确保信息发布的统一性、权威性和时效性。 “通知”针对肥料登记管理工作中，一些地方还存在审批程序不规范、越权超范围登记、省际间登记要求不一致和监管不到位等问题，提出严格省级登记审批权限，明确境内生产的有国家标准或农业行业标准的复混肥料（包括配方肥料）、有机－无机复混肥料、有机肥料、床土调酸剂由其生产企业所在的省级农业行政主管部门负责登记，其他肥料产品（免于登记产品除外）由农业部负责登记。“通知”还要求严把申请登记肥料产品的安全关，严格检验有机-无机复混肥料、有机肥料和床土调酸剂产品中重金属、有害微生物等有毒有害物质含量；根据需要安排产品毒理学试验和产品安全性田间试验。 “肥料登记申请书”、“肥料续展登记申请书”、“肥料变更登记申请书”、“肥料生产企业考核表”、“肥料登记产品备案申请表”等规范文本得到修订。